Esta técnica es muy utilizada en los laboratorios, especialmente en los de biología molecular, ya que se utiliza en procedimientos importantes como: separación, análisis y purificación de ARN, ADN, o proteínas, ácidos nucleicos, este proceso se realiza debido a que la mayoría de las biomoléculas tienen una carga eléctrica donde su magnitud depende del pH del medio en el que se encuentran; debido a esto, las biomoléculas se desplazan al ser sometidas a un campo eléctrico hacia el polo de carga opuesto al de la molécula.
Su funcionamiento es un proceso sencillo, separa las moléculas de acuerdo a su tamaño y carga eléctrica, para esto se utiliza una corriente eléctrica que impulsa a desplazar las moléculas a través de un gel u otra matriz, entonces los poros del gel actúan como un tamiz, permitiendo que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas más grandes, para conocer el tamaño de las moléculas en una muestra, se comparan con los estándares de tamaño establecidos que se separan en el mismo gel.